O Sepaco Mogi das Cruzes foi fundado em 1985 para atender aos beneficiários do setor papeleiro do Alto Tietê. Inicialmente um ambulatório de especialidades, ao longo do tempo a unidade foi ampliando o atendimento e a relevância junto às empresas papeleiras da região e em 2018 passou a atender em um local maior e mais amplo, com mais conforto aos pacientes, ampliação das atividades e serviços e fácil acesso por transporte público e particular, além de permitir a implantação gradativa de outros serviços.
Com a mudança, a região passou a contar com a experiência do Sistema Sepaco de Saúde na assistência ao paciente além da qualidade do Hospital Sepaco de São Paulo em uma nova unidade regional com maternidade, centro médico e pronto atendimento (urgência e emergência) 7 dias por semana com clínica médica, pediatria, ortopedia e traumatologia, ginecologia e obstetrícia, além da realização de exames e pequenos procedimentos.
