O AVC pode estar associado a anormalidades do septo atrial, especificamente forame oval patente (FOP), defeito septal atrial e aneurisma septal atrial. A prevalência de AVC atribuível ao FOP varia muito e diminui com a idade e a presença de fatores de risco cardiovasculares. Indivíduos com AVC criptogênico são, geralmente, mais jovens e mais propensos a ter um AVC atribuível ao FOP em relação aos indivíduos mais velhos inscritos nos estudos de base populacional.